Wrzesień 1939 r.
W piątek 1 września 1939 r. wybuchła II wojna światowa. Tego dnia Państwo Frelichowscy oddali się w opiekę Bożą przed obrazem Serca Jezusowego. Błogosławieństwa rodzinie udzielił ks. Frelichowski w obecności ks. Jana Mykowskiego i ks. Jana Mantheya. Obraz Serca Jezusowego pełnił bardzo ważną rolę w rodzinie Państwa Frelichowskich. Był on bowiem prezentem, który otrzymał Ludwik z Martą w dniu ich ślubu. Bardzo często paliła się przed nim oliwna lampka, a cała rodzina codziennie zbierała się przed nim na modlitwę łącząc w prostych słowach zarówno swoje radości i smutki, zwycięstwa, ale i również porażki.
7 września 1939 r. wojska niemieckie wkroczyły do Torunia.
Ks. Stefan Wincenty w tych dniach czynnie uczestniczył nie tylko w wypełnianiu posługi duszpasterskiej, ale jako kapelan Chorągwi Pomorskiej odważnie niósł pomoc ludziom zdezorientowanym w obliczu niemieckiej agresji. Wicek od początku wojny służył pomocą tym, którzy tego najbardziej potrzebowali, gdyż zarówno w dzień jak i w nocy przez miasto przechodziło setki uchodźców. Jego mama Marta Frelichowska, wspominała:
Wiem, że swego czasu zajmował się opuszczonymi i ewakuowanymi, zresztą w naszym domu ukrywał rodzinę o nazwisku Czub.
11 września 1939 r. w niemieckim areszcie znaleźli się wszyscy księża z parafii mariackiej w Toruniu. Ks. Frelichowski w godzinach przedpołudniowych zdołał jeszcze nawet odprawić jeden pogrzeb. Umieszczono ich wraz z innymi zaaresztowanymi ludźmi w toruńskim więzieniu tzw. Okrąglaku. Następnego dnia wolność uzyskał ks. proboszcz Franciszek Jank oraz dwaj wikariuszowie: ks. Jan Manthey i ks. Jan Mykowski. Natomiast ks. Stefan Wincenty został przetrzymany w areszcie dłużej. Duchowni przebywali m. in. w celi więziennej nr 35, jej okna wychodziły na ówczesny gmach województwa.
Wewnątrz celi stały prycze, w większości bez sienników. O. Władysław Szołdrki wspominał:
Położenie uwięzionych w okrąglaku, a było ich kilkuset, było ciężkie. Najgorsze były noce. W późnych godzinach na korytarzach więziennych Niemcy urządzali prawdziwe orgie. Krzyk, płacz męczonych, bieganie oprawców szarpały nerwami zamkniętych w celach. W każdej chwili można było oczekiwać, iż wpadną do celi po nowe ofiary. [W. Szołdrski, Redemptoryści w Polsce, cz. II. Klasztory, młodzież, materiały. Maszynopis w Archiwum Domu Prowincjonalnego OO. Redemptorystów w Tuchowie, s. 10].
Zapewne dłuższy pobyt ks. Frelichowskiego w toruńskim areszcie wiązał się z aktywnym zaangażowaniem w harcerstwo oraz silnym wpływem, jaki wywierał na młodych. Najprawdopodobniej Niemcy obserwowali również jego patriotyczne zaangażowanie w służbę duszpasterską już przed wybuchem wojny. Ich uwadze z pewnością nie uszły artykuły ks. Frelichowskiego ukazujące się na łamach Wiadomości Kościelnych NMP w Toruniu. Dla przykładu w swoim ostatnim artykule z 3 września 1939 r. pisał, iż wojna jest ostatecznym ratunkiem człowieka w walce o pokój oraz Boży ład w świecie:
I wtedy błogosławieni będą ci, którzy walczą z bronią w ręku o pokój. [S. W. Frelichowski, Pokój czyniący, WK – NMP, nr 25 z 14 maja 1939, s. 1].
Po wypuszczeniu ks. Frelichowskiego z aresztu możliwość jego ponownego uwięzienia była bardzo duża. Ks. Stefan Wincenty ostrzeżony przez proboszcza i przez przyjaciela Kentzera o tym zagrożeniu zdecydowanie odmówił możliwości ucieczki do Generalnej Guberni, pozostał w parafii oddawszy się woli Bożej oraz wypełnianiu swojej kapłańskiej służby. Świadczy o tym chociażby jego posługa w konfesjonale.
