Październik 1939 r.
Na mocy dekretu o umacnianiu niemczyzny z 7 października 1939 r. Reichsfűhrer SS Heinrich Himmler został upoważniony do akcji dyskryminacji i eksterminacji miejscowej ludności polskiej. Na tej podstawie odbyły się w Toruniu i jego okolicy w dniach od 17 do 21 października 1939 r. masowe aresztowania ludności, które objęły około 1500 osób. Wśród nich znalazł się również ks. Frelichowski.
W dzień aresztowania ks. Stefan Wincenty po odprawieniu porannej Mszy św. wraz z ks. Franciszkiem Licznerskim zjadł śniadanie u państwa Frelichowskich, którzy mieszkali bardzo blisko parafii na Fosie Staromiejskiej, tuż naprzeciwko teatru im. Wilama Horzycy w Toruniu. Po nim udał się na plebanię, gdzie czekało już na niego gestapo. Tak to wydarzenie wspominał po latach w jednym z obozowych listów wysłanych do domu:
Mik (chodzi o ks. Jana Mykowskiego) może spokojnie nadal pracować. On doprawdy był bardzo krótko chory, nie tak długo jak Wincenta. Często przypominam sobie to, co ona mi opowiadała. Jak Mik i Jan (chodzi o ks. Jana Manthey) zawołali ją przez okno kancelarii parafialnej do siebie, gdy ona spokojnie przechodziła. I co najważniejsze bez powodu i bez jakiegokolwiek rozkazu. I wówczas przyszło to nieszczęście.
Ks. Frelichowski pisząc o swojej chorobie miał na myśli swoje aresztowanie. Zapisał je jednak w charakterystyczny dla siebie sposób – szyfrem. Każdy list wysłany z obozu podpisywał imieniem Stefan, a między wierszami przekazywał rodzicom informacje o Wicku, Wincencie czy Wincu… W ten sposób bliscy dowiadywali się, mimo obowiązującej cenzury, co u niego się aktualnie dzieje [Błogosławiony ks. Stefan Wincenty Frelichowski, Listy obozowe. Z rękopisu odczytała, z języka niemieckiego przetłumaczyła, wprowadzeniem i przypisami opatrzyła M. Nędzewicz, Toruń 2005, s. 77].
Co do samego faktu aresztowania to należy zauważyć, iż w literaturze i wspomnieniach znajdują się różne daty drugiego aresztowania ks. Frelichowskiego.
Ks. proboszcz Franciszek Jank napisał, iż jego trzech księży wikariuszy: Frelichowskiego, Mantheya, Mykowskiego zaaresztowano 19 października 1939 r. [zob.: Archiwum Diecezjalne w Pelplinie, F. Jank, Księża Diecezji Chełmińskiej, którzy przeżyli lata 1939–1945. Spis alfabetyczny, t. 1-2, rękopis]. Jan Domagała, w książce: Ci którzy przeszli przez Dachau, na stronie 103, potwierdził powyższą datę 19 październiku 1939 r. Z koleji Wiktor Jacewicz oraz Jan Woś, w swoim monumentalnym dziele: Martyrologium, t. 4, z. 2, podali informację o 18 październiku 1939 r. Potwierdzili ją ks. dr Henryk Ormiński oraz Edmund Piszcz. Profesor Jan Sziling, przychyla się do daty 17 października.
Świadkowie zeznający w procesie beatyfikacyjnym podawali różne daty, siostra Marcjanna Jaczkowska zapamiętała 18 października zaś ksiądz bp Zygfryd Kowalski wspominał, że kiedy wrócił do Torunia w dniu 17 października 1939 r. ks. Frelichowski był jeszcze czynnym wikariuszem, został zaś aresztowany 18 października 1939 r.
Literatura niemieckojęzyczna podaje datę drugiego aresztowania ks. Frelichowskiego jako dzień 19 października 1939 r. [zob.: E. Weiler, Die Geistlichen in Dacha sowie in anderen Konzentrationslagern udn in Gefangnissen, Modling 1971, s. 237, 754].