Listopad 1939 r.

Już od pierwszych dni niewoli ks. Frelichowski otworzył się całkowicie na potrzeby drugiego człowieka. Wychodził do najbardziej przygnębionych, samotnych, zrezygnowanych. Ks. Bernard Czapliński wspominał:

Zbliżał się do nas nie z wyszukanymi, logicznie zbudowanymi sylogizmami, ale z sercem na dłoni: ciężko ci bracie! Chodź, powiedz mi, co cię boli, we dwóch pomyślimy o usunięciu twego zmartwienia i kłopotu. Z głębokim przekonaniem wcielał w swoją duszpasterską służbę słowa, które zapisał w pamiętniku przed święceniami kapłańskimi: Należy każdego człowieka, jaki nam stanie po drodze, wziąć pod swą opiekę, okazać zainteresowanie jego duszą i potrzebami [S. W. Frelichowski, Pamiętnik, s. 155].

Ze wspomnień świadków wynika, że już od pierwszych dni niewoli ks. Frelichowski:

podnosił na duchu załamanych, zagrzewał do żywej wiary, do ufności Bogu.

Z narażeniem życia organizował w poszczególnych izbach wspólne poranne i wieczorne modlitwy. Jak zauważył jeden z kolegów ks. Frelichowskiego, ks. Ambroży Dykier, sposób jego modlitwy był przykładem dla innych ponieważ był on bardzo męski, przekonywujący, nie był więc ckliwy i dewocyjny. Codziennie odmawiał różaniec, jak zapamiętał ks. Leonard Knuth, ks. Frelichowski szczególnie pochylał się nad tajemnicami bolesnymi. Był wielkim czcicielem Najświętszej Maryi Panny, często mówił o opiece jaką roztacza nad nimi Matka Najświętsza, jednocześnie jako sodalis, zachęcał innych do jej czci i ufności.

Co niedzielę z inicjatywy ks. Frelichowskiego przez cały czas pobytu w forcie odprawiano tzw. „suche” Msze św., które były recytowane w prawie każdej izbie. Celem tych nabożeństw było duchowe połączenie uczestników z Najświętszą Ofiarą odprawianą w tej chwili w kościele parafialnym. Jak podają świadkowie, były one wielkim umocnieniem dla więźniów, nawet dla tych, którzy przed uwięzieniem nie byli blisko Boga i Kościoła. Ks. Stefan Wincenty organizował również spowiedź św., konspiracyjnym konfesjonałem stała się piekarnia forteczna. Ks. Henryk Ormiński pisał:

Począł on słuchać spowiedzi wpierw pojedynczych współwięźniów, a zachęcony powodzeniem zorganizował wspólną spowiedź dla więźniów poszczególnych cel. Nie przypuszczał ten dzielny kapłan, że dla wielu więźniów była to ostatnia spowiedź w życiu, spowiedź przedśmiertna. [H. Ormiński, Sługa Boży ksiądz Stefan Wincenty Frelichowski, Kartuzy 1986, s. 29].

A oto wspomnienia ks. Wojciecha Gajdusa:

Była w Forcie VII na piętrze ciemna sklepiona piekarnia, tuż za piecem za ścianą było trochę miejsca, gdzie Wicek słuchał spowiedzi. Chłopcy i mężczyźni po omacku szli do kąta piekarni. Tam czekał człowiek, który z Bogiem jednał dusze [W. Gajdus, Nr 20998 opowiada, Kraków 1962, s. 34]

W październiku z Fortu VII wyjechał transport ok. 130 więźniów. Jak się później okazało, zostali oni wywiezieni do położonej kilka kilometrów za Toruniem miejscowości letniskowej Barbarka, gdzie zostali rozstrzelani. W listopadzie odbyły się jeszcze dwa podobne transporty, w których zginęło ok. 200 osób. Często ginęli ludzie młodzi, ojcowie wielodzietnych rodzin, którzy przed śmiercią błagali o życie, jednak wówczas nikt ich nie słuchał. Dzięki heroicznej postawie Wicka wielu z nich przed śmiercią mogło pojednać się z Bogiem.